探索とは、宇宙にあるデータサイトや遺跡を探し出し、そこからアイテムを入手することである。
必要なアイテムは『広範囲共鳴シミュレーター』と『データ分析装置』または『レリック分析装置』。

広範囲共鳴シミュレーターを使用すると、まれにデータサイトや遺跡を発見することができる。
スキャンの間は無防備になるので、NULLなどで探索を行う場合は安全を確保してからにすること。
またサイトは出現率が低い上に他の探索者とも奪い合いなので、いいサイトを探し出すには根気が必要。
オートパイロットを使用し、ワープ中などにスキャンを行うことによって効率のいいスキャンが可能。
もしシグナルが見つかったら、惑星の100km時点やSSなどに移動してミニゲームを行い、スキャンを完了させるのがおすすめ。

サイトに敵はいないが、他のプレイヤーが居る可能性はある。
探索者狙いの海賊などもいるため、特にローカルに人がいる場合には注意が必要。
箱にはランディング時点からまっすぐ近付くのではなく、アノマリーやゲートなどの退避先と同じ向きになるように近付いたりすると、緊急時に素早くワープすることができる。
または、ローカルから人がいなくなるのを待ったり、そのサイトをあきらめるなども選択肢である。

データ分析装置やレリック分析装置を使うことで、箱を開けることができるようになる。
ただし高レベルのデータサイトや遺跡には高級品の分析装置が必要となる。